Колекція мікроорганізмів Інституту сільськогосподарської мікробіології УААН є спеціалізованою колекцією в якій підтримуються культури непатогенних грунтових мікроорганізмів, що мають наукову та практичну цінність.

Колекція організована в 1998 році як сектор типових культур мікроорганізмів при  лабораторії грунтової мікробіології (керівник - к.с.-г.н. Токмакова Л.М.). З 2002 року колекція успішно працює на базі лабораторії біологічного азоту (керівник - д.б.н. Надкернична О.В.). Колектив співробітників колекції:- к.б.н. Ковалевська Т.М., Горбань В.П., Романова І.М.

Всього в фондах колекції зберігається 634 культури мікроорганізмів: 502 штами бактерій та 132 штами грибів. Вона об'єднує спеціалізовані колекції мікроорганізмів, які були сформовані в лабораторіях протягом 40 років існування Інституту та його Південного відділення (Південна дослідна станція ІСГМ УААН). Колекція є результатом багаторічних досліджень ролі мікроорганізмів у процесах формування родючості ґрунту, живлення рослин, регулювання фітосанітарного стану довкілля. Велику цінність для колекції мають типові штами, що використовуються в систематиці як еталони відповідних видів мікроорганізмів.

В 2002 році постановою Кабінету Міністрів України колекція внесена в реєстр наукових об’єктів, що становлять національне надбання України.

Основні завдання та напрями роботи колекції:
•    поповнення фондів новими штамами, розширення видового різноманіття мікроорганізмів, що зберігаються в колекції;
•    гарантоване довгострокове зберігання мікроорганізмів;
•    ідентифікація виділених штамів;
•    надання штамів мікроорганізмів зацікавленим установам та організаціям для наукових досліджень.

Інститут і його колекція є монопольним утримувачем культур мікроорганізмів, які слугують основою таких мікробних препаратів як: агробактерин, альбобактерин, бацилотурінг, біогран, біополіцид, діазобактерин, мікрогумін, поліміксобактерин, ризобофіт, ризогумін, хетомік, фосфоентерин та інших. Розроблені препарати є високоефективними засобами підвищення продуктивності рослин, захисту їх від хвороб, поліпшення родючості ґрунту.

В колекції систематизуються дані щодо джерел виділення штамів мікроорганізмів, історія їх руху та вивчення, видано каталог культур мікроорганізмів:Каталог культур мікроорганізмів / (авт.-упоряд. Волкогон В.В., Надкернична О.В., Ковалевська Т.М.) -Чернігів: ЦНТЕІ, 2007. - 46с.